在1854年修订版约翰米勒迪基,一个长老部长和他的妻子萨拉Emlen克勒松,一个贵,成立Ashmun研究所,后来命名为林肯大学。他们命名后Jehudi Ashmun ,宗教领袖和社会改革。他们成立了学校教育的非裔美国人,谁很少有机会。

约翰米勒迪基是第一学院院长。他鼓励他的一些首批学生:詹姆斯罗尔斯顿阿莫斯纳曼（ 1826年至1864年） ,他的哥哥托马斯亨利阿莫斯纳曼（ 1825年至1869年） ,和Armistead哈钦森米勒（ 1829/30-1865 ） ,支持建立利比里亚作为一个殖民地非洲裔美国人。每一个男人变得祝部长。

于1866年,学院更名为Ashmun林肯大学被暗杀后林肯总统。

学院高度吸引优秀的学生来自众多国家,特别是在漫长的几十年的法律隔离在南方。可以看出名单上的显着校友（以下链接） ,许多接着成就事业学术界,公共服务,艺术和其他许多领域。

在1945年博士霍勒斯曼007 ,校友林肯,被选定为第一个非洲裔总统的大学。在他12年任期内,他继续这样做社会科学研究,支持和帮助的重要公民权利案件布朗诉教育委员会决定于1954年由美国最高法院。他建立了一个重要的关系,收藏家阿尔贝角巴恩斯,谁保证了林肯大学的管理作用,他的艺术收藏品的巴恩斯基金会。

林肯大学在1972年正式与英联邦的宾夕法尼亚作为一个国家的有关机构。